См. Помощник вида headScript (). Я просто пишу это на макушке, но думаю, что это работает так:
Из файла просмотра: $this->headScript()->appendFile('filename.js');
Из контроллера: $this->view->headScript()->appendFile('filename.js');
И затем где-то в вашем макете вам нужно отобразить ваш объект headScript:
<?=$this->headScript();?>