Я не умный гуру, но я верю, что «last» возвращает true только тогда, когда находится в разделе. Это, вероятно, было бы предпочтительнее в любом случае, поскольку нет нужды показывать нумерацию страниц при отсутствии записей.
{section name=firstlevel loop=$xxx}
<ul>
{section name=secondlevel loop=$xxx[firstlevel]}
<li>$xxx[firstlevel][secondlevel].values</li>
{/section}
</ul>
{if $smarty.section.firstlevel.last}
{include file="pagination.tpl"}
{/if}
{sectionelse}
No values
{/section}