Я очень сомневаюсь, что «конверсия», которую вы видите, является реальной разницей в двух копиях файла. OS X не хранит какие-либо значения кодировки для содержимого файла, поэтому гораздо более вероятно, что какой-либо инструмент, который вы используете для просмотра / редактирования файлов, интерпретирует содержимое по-разному, будь то Xcode, TextWrangler или что-то еще другой редактор, который вы используете. Делая прямую копию файла, будь то из Finder, Path Finder или из командной строки, никогда не изменит фактические данные в файле в процессе копирования.
UTF-8 и Mac OS Roman фактически одинаковы, если у вас нет символов выше 0x7f, поэтому вполне возможно, что действительный файл UTF-8 без спецификации может быть интерпретирован как римский файл Mac OS. В любом случае, я бы посмотрел на любую программу, которая показывает ту кодировку, чтобы найти решение, а не на процедуру копирования файлов самой OS X.