ИМХО, лучший способ - использовать гибкий подход и позволить конфигурации быть внутри и / или вне WAR (с некоторой дополнительной логикой для порядка поиска конфигурации и имен файлов / каталогов, в которых может храниться конфигурация).
У меня есть опыт работы с совершенно разными моделями / схемами развертывания - иногда это одна сборка / много конфигураций, в другое время - даже: много сборок / одна конфигурация на одном сервере - странно, но может случиться; -).
Это может быть особенно полезно, если вы разрабатываете какую-то платформу, которую ваши клиенты / пользователи могут развернуть в пользовательских средах, не указанных во время сборки WAR.