Потому что только люди в группе администраторов могут создавать ключи в HKEY_CLASSES_ROOT
.
В общем случае вам не нужно создавать ключи там (если это часть процесса установки, тогда вам, вероятно, следует использовать подходящий установщик с поддержкой транзакций и отката - например, установщик Windows), а не запускать собственные ).
Но для решения вашей конкретной проблемы вам нужно запустить приложение от имени администратора.