yEd действительно хорошо подходит для этого: на основе Java и, следовательно, работает практически на любой платформе. Он может экспортировать векторную графику (SVG, PS, PDF) и, следовательно, отлично подходит для печатных документов, а также предлагает автоматические алгоритмы компоновки, которые действительно помогут вам с расположением деревьев и других структур графиков. Также он имеет очень интуитивно понятный интерфейс и, конечно, это бесплатно.