Если вам уже было предложено перенести решение с .NET 2.0 на .NET 3.5, и вы ответили «Нет» в то время, как вы получаете Visual Studio 2008 для повторного запроса на этот вопрос?
Извините, если есть простое решение для этого.
Я не думаю, что есть способ заставить VS сделать это для вас. Вы можете перейти к каждому проекту в своем решении и установить «Целевую платформу» на странице «Приложения» свойств проекта.