В настоящее время MongoDB использует гео-хеширование с B-деревьями, которые будут работать медленнее, чем R-деревья PostGIS (боюсь, я не могу дать точные цифры, но существует множество теоретической литературы по различиям). Однако на этих слайдах http://www.slideshare.net/nknize/rtree-spatial-indexing-with-mongodb-mongodc автор рассказывает о добавлении R-деревьев в MongoDB и разделении на географический ключ. Вы говорите об использовании настольных компьютеров, поэтому геошардирование может не представлять интереса, так как преимущества шардинга будут более ощутимы для массивных наборов данных.
В конечном счете, это, вероятно, сводится к тому, что вы хотите сделать с вашими пространственными данными. Postgis имеет гораздо больше функций и поддерживает топологию, растры, 3D, преобразования между системами координат, так что если это то, что вы ищете, PostGIS все равно будет лучшим вариантом. Если вы заинтересованы в хранении миллиардов / триллионов пространственных объектов и просто запускаете базовую программу, найдите все точки вблизи или внутри этой точки на основе некоторых критериев, тогда MongoDB, вероятно, является очень хорошим выбором.