Вам придется открыть индекс без перезаписи таким образом:
IndexWriter writer = new IndexWriter("MyIndexPath",analyzer, false);
Флаг false в конце указывает, что он должен открываться в режиме добавления.
Автор имеет метод UpdateDocument
writer.UpdateDocument(new Term("IDField",id), doc);
поле id должно быть уникальным идентификатором документа, таким как имя файла или номер файла и т. Д.