Как я могу заставить Visual Studio использовать 64-битный компилятор (csc.exe / vbc.exe) для веб-сайта Asp.Net?
Очевидно, что вы не можете. Компиляция x86 произойдет с VS 2008, а компиляция x64 / x86 произойдет с вашим IIS (в зависимости от платформы вашего окна). Вы не можете изменить его, даже используя параметры компиляции в web.config - возникнет ошибка.