Если вы используете python, просто создайте новую модель и сохраните ее, и новая таблица будет создана, а информация сохранена. Обратите внимание, что новые таблицы не создаются, пока в них что-то не сохраняется. Я предполагаю, что то же самое работает в Java, но я никогда не использовал Java в AppEngine.
Из документации http://code.google.com/appengine/docs/python/datastore/overview.html:
В отличие от реляционных баз данных, хранилище данных App Engine не требует, чтобы все объекты данного вида имели одинаковые свойства. Приложение может указать и применить свою модель данных, используя библиотеки, включенные в SDK, или собственный код.
Таким образом, если вы создаете новые свойства или таблицы, они добавляются, но только к новым сохраненным объектам, старые объекты остаются неизменными.