Видите ли вы что-нибудь странное в начале файла при печати его в терминале с командой cat, настроенной на отображение непечатаемых символов?
cat -v path_of_your_project/AppName_Prefix.pch
Что произойдет, если вы замените файл в первом проекте файлом из нового рабочего проекта?
Можете ли вы отредактировать свой вопрос и добавить содержимое файла AppName_Prefix.pch?