ваша функция имеет вызов второй строки сразу после первой. Я полагаю, он мгновенно становится оранжевым, а не одна секунда, которую вы хотите. Вам нужно сделать вторую строку обратным вызовом вашей первой. Может выглядеть примерно так (не уверен, каковы корректные параметры эффекта ()):
function turnOrangeOnWarning(t) {
myparagraph.text(t).effect("highlight", {'color':'orange'}, 1000,
function() { myparagraph.css("background-color", "orange"); }
);
}