Microsoft повторила проблему, и похоже, что это может быть ошибка в WPF 4.0.
https://connect.microsoft.com/VisualStudio/feedback/details/555322/global-wpf-styles-are-not-shown-when-using-2-levels-of-references
После исследования, проведенного лицом, представившим ошибку, я взял все наши отдельные файлы ресурсов XAML, которые включены в словарь объединенных ресурсов, и вырезал и вставил текст стиля в один файл UberStyles.xaml. Я избегал любого использования MergedDictionaries.
Это решило проблему, и моя информация о стиле из моего приложения WPF 3.5 вернулась к моему приложению WPF 4.0.
На мой взгляд, это явная ошибка в WPF 4.0 - я не совсем уверен, как бы вы назвали это функцией, а поведение недокументировано. Я немного обеспокоен последствиями этого для платформы WPF 4.0 в целом. Вы бы подумали, что это было бы замечено при тестировании Visual Studio 2010 Release!
В любом случае, надеюсь, это поможет. Эта ошибка сводила меня с ума с тех пор, как мы обновились до VS2010 две недели назад.