CSS добавляется в DOM через тег 'link', поэтому вы можете найти эту ссылку и добавить / удалить
Следующий код показывает, как удалить и добавить новый (я использую MS AJAX, см. Метод $ get, но вы можете заменить его на чистый DOM или другой диалект):
var head = document.getElementsByTagName('head')[0];
var oldLink = $get("nameOfLink", head);
if(oldLink!=null)
head.removeChild(oldLink); //remove old entry
var s = document.createElement('link');
s.id="nameOfLink";
s.type = 'text/css';
s.rel="stylesheet";
s.charset ='utf-8';
s.href = "http://your-provided-url";
head.appendChild(s);