Это изменилось в Eclipse Luna (или, возможно, это только потому, что я на Mac, а ответчики на ПК)
Вы найдете его в этом меню:
Eclipse -> Настройки -> Общие -> Рабочая область
Оттуда вы проверяете «Автоматически сохранять перед сборкой» + «Автоматически строить». На Mac Preferences нет в меню Window, так что это немного смутило меня.