Один представляет собой графический клиент (или, скорее, расширение оболочки для Windows), а другой - клиент командной строки 1 . Использование значительно отличается от удобных функций, однако базовый набор функций для работы с репозиториями Subversion точно такой же, поскольку они оба используют одну и ту же библиотеку.
Что касается сервера Subversion, то это на самом деле другое программное обеспечение, хотя иногда оно распространяется вместе с клиентом командной строки.
1 Примечание: я давно перестал использовать версию под маркой CollabNet, потому что она за стеной регистрации. Я нашел Slik SVN в качестве хорошей альтернативы. Это точно такой же клиент командной строки, который вы получаете от CollabNet, без хлопот при его загрузке.