Звучит немного кошмарно. Я предполагаю, что нет никакой возможности иметь git-репозиторий на FTP-сервере. В этом случае я бы создал отдельную ветку в своем рабочем репозитории:
git checkout -b ftp
скопируйте файл ftp и передайте его в ветку:
git commit -a
затем вернитесь к мастеру:
git checkout master
и выполните обычное слияние, diff, cherry-pick из ветви FTP. Возможно, вы захотите удалить каталог FTP после завершения слияния.