Кажется, что существует двоичное несоответствие между различными объектными файлами.
Не забывайте, что iPhone 4.0 является новой основной версией, поэтому он может сломать ABI (Application Binary Interface). Это означает, что вы не можете взять двоичный объект с iPhone 3.0 и связать его с двоичным объектом iPhone 4.0 без проблем (обратите внимание, что он может работать, но вряд ли).
Я предлагаю вам пересобрать все из исходников.