В принципе, файлы WAR должны быть переносимы между серверами Java EE. На практике я не ожидал бы много проблем с переносимостью, но это очень сильно зависит от деталей вашего приложения и от того, очень ли вы придерживались стандартов Java EE. Кроме того, простое развертывание приложения в другой среде (ваша компьютерная разработка или среда хостинга) может привести к ошибкам, и не столько в WAS v Tomcat, сколько в этой среде v этой среде.
Возможные проблемы, в порядке убывания вероятности:
1). Вы нацеливаетесь на те же версии стандартов.
2). Использовали ли вы какие-либо специфические расширения WebSphere, кроме спецификаций Java EE. У большинства продавцов есть какие-то дополнительные вкусности, вы их использовали?
3). Вы жестко запрограммировали некоторый ресурс (файл, каталог, принтер, база данных), доступ к которому по-разному на вашей целевой платформе.
4). Вы столкнулись с неопределенностью спецификации? Есть ли какой-то угловой случай, когда поведение WAS отличается от поведения Tomcat.
5). Вы зависите от того, что WAS или ваша платформа делают очень быстро, а ваша платформа taget - нет.
Мое общее правило для переносимости: всегда тестируйте заранее на всем диапазоне предполагаемых платформ развертывания. Почти всегда есть немного гоча. Если вы узнаете рано, вы можете исправить с небольшой болью.