Вы ударили решение по голове в своем комментарии (нет кармы, чтобы ответить). Тесты выполняются в транзакции, которая в конце откатывается. Таким образом, внешний сервер изолирован от влияния любых запросов, которые Cucumber выполняет к базе данных. Отключение транзакционных фикстур - это путь, но я не знаю, почему он не работает.
Другие решения будут заключаться в том, чтобы: а) перестроить ваш код, чтобы вам не требовалась общая база данных (это может вызвать проблемы в других местах), или б) получить доступ к тесту Cucumber во второй базе данных сервера (через HTTP-запрос) ?).