Вы можете попытаться вызвать delete_cookie даже для файла cookie, который вы не смогли прочитать. Django выведет соответствующие заголовки Set-Cookie, чтобы удалить cookie независимо. Естественно, что domain и path, которые вы передаете delete_cookie, должны совпадать с файлом cookie, который вы собираетесь удалить.
Однако, если вы не смогли прочитать файл cookie, вероятно, существует другая проблема, которая может помешать вам удалить его. Вы уверены, что cookie из родительского домена был установлен с параметром domain=parentdomain.tld? В противном случае он не был бы видимым или удаляемым из субдомена, кроме как в IE из-за плохой обработки браузером файлов cookie, не указанных в домене.