Хорошо, я понял это. Правильно сохранять одинаковые имена при регистрации («PopulationRate» и «BusinessLicenseRate»). Все, что мне нужно было сделать, это добавить атрибут к параметру ITaxAuthorityRateService в конструкторе каждой службы, например:
Параметр конструктора Service1:
[Dependency( "BusinessLicenseRate" )]
ITaxAuthorityRateService rateService
Параметр конструктора Service2:
[Dependency( "PopulationRate" )]
ITaxAuthorityRateService rateService
И затем каждая служба получила правильный экземпляр ITaxAuthorityRateService.