Из вашего вопроса я предполагаю, что TFSBuild.proj находится в папке, которая не разветвлена.
Вместо этого я использую для ветвления также папку со сценарием buid, то есть папка в Основной ствол. Таким образом, у вас есть «копия» того же скрипта под ветками Dev. Тогда у меня просто есть различные определения сборки, которые могут указывать на «правильную» копию.