Если я вручную добавлю еще одну переменную, например M2_REPO, указывающую на каталог,
M2_REPO
Я не нахожу его ни в .project, ни в .classpath,
.project
.classpath
где это восстанавливается тогда?
Он хранится в настройках JDT в вашем рабочем пространстве. Проверьте этот файл в корневом каталоге рабочей области,
.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/org.eclipse.jdt.core.prefs
Этот файл не относится к конкретному проекту, поэтому classpath var используется всем рабочим пространством.
Он хранится в вашем файле рабочей области.