Иногда возникают проблемы с подключением отладчика к устройству. Запуск этого из командной строки может исправить это.
adb kill-server
adb start-server
Кроме того, запуск более чем одной версии Eclipse (или Eclipse плюс сам инструмент DDMS) может привести к проблемам (я полагаю, вы получаете предупреждения об этом сейчас).