Возможно, вы ожидаете, что zend_registry будет работать как cookie-ведьма, которая не работает. Если вы установили что-то в контроллере, нажмите на ссылку на другой контроллер, и вы потеряете эти данные.
В противном случае, как сказал shadowfax, просто убедитесь, что вы устанавливаете свои данные где-то в потоке приложения.