Попробовал это недавно в gVim 8.0 в Windows, но даже после сброса cs vim блокировал cscope.out, поэтому cs не мог восстановить cscope.out при открытом vim.
В этом случае я добавил следующее дополнительное сопоставление (например, F12), которое убивает текущее соединение cscope, чтобы cscope мог регенерировать cscope.out с помощью F11, не закрывая vim. Надеюсь, это кому-нибудь поможет.
map <F11> :!cscope -Rbq<CR><ESC>:cs add cscope.out<CR><CR>
map <F12> :cs kill cscope.out<CR><CR>