Делать это небезопасно. ntfsprogs имеет планы на ntfsck , которые позволят вам безопасно исправить и пометить как чистую файловую систему. Однако инструмент еще не реализован.
Тем не менее, простая очистка грязного бита - это рецепт неприятностей. Если файловая система дала сбой, вы должны запустить восстановление перед ее использованием, для которого, насколько я знаю, сейчас требуется Windows.
Почему ты хочешь это сделать? Может быть, есть лучший способ сделать то, что вы пытаетесь достичь?