Используйте команду «загрузить данные infile». С помощью deafulat он будет обрабатывать входящие файлы как csv, хотя вы можете определить тип импортируемого файла. Документация по загрузке данных инфиля находится здесь:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/load-data.html
FTA, в простейшем виде команда выглядит так:
LOAD DATA INFILE 'data.txt' INTO TABLE db2.my_table;
Это предполагает, что столбцы в файле данных и в вашем текстовом файле выстраиваются в линию.
В остальной части документации объясняется, как импортировать не выровненные поля, а также как обращаться с окончаниями строк в Windows и Unix.