Вы можете использовать обозреватель хранилища для удаления / переименования испорченного файла, затем обновлять свою рабочую копию в обычном режиме, исправлять любые ссылки на переименованный файл, которые могут потребоваться исправить, и фиксировать исправления.
Тогда вытащи дробовик и стреляй в того, кто сделал это в первую очередь. Злоупотребление чувствительностью к регистру - один из немногих неприятных запахов, которые мне трудно простить.
(редактировать: это предполагает TortoiseSVN, но решения работают для любой реализации SVN. Вы просто не можете использовать симпатичный браузер.)
Edit:
Другой вариант - переименовать локальную версию файла, а затем использовать обозреватель хранилища, чтобы проверить вторую версию конфликтующих файлов, переместить объекты, отсортировать ссылки, как указано выше, и зафиксировать изменения.
Преимущество этого заключается в том, что требуется только один коммит и не нужно без необходимости возиться с другими людьми, которые могут работать или не работать с двумя файлами.