Если вы ориентируетесь на 3.5 Framework, вам не нужно подписывать ваши развертывания ClickOnce. Убедитесь, что «Подписать манифесты ClickOnce» не отмечены на вкладке «Подписать» в свойствах вашего проекта. Это позволит вам редактировать файл .application после создания развертывания. Измените атрибут кодовой базы тега deployProvider ...
<deploymentProvider codebase="http://theirserver/.../Foo.application" />
Это не решит проблему настройки приложения. Если вы редактируете файл, который вы развертываете, хэш для файла должен быть восстановлен.
Знаете ли вы, какой должна быть настройка клиента? Если это так, может быть, вы могли бы иметь отдельные файлы конфигурации для каждого клиента и сделать что-то с событием перед сборкой, чтобы скопировать файлы конфигурации вокруг?
Имеет ли параметр значение в файле конфигурации клиента? Не могли бы вы сохранить настройки на сервере и передать их через параметр url или получить их с помощью вызова веб-службы после запуска приложения?
Если эти вещи не сработают, вы можете предоставить своим клиентам простой сценарий (возможно, с использованием Mage ), чтобы они могли заново создавать и оставлять подписи под манифестами (с собственным сертификатом) после редактирования развертывания .