Если ваши пользователи будут перемещаться с компьютера на компьютер, тогда имеет смысл иметь пользовательские настройки в базе данных или некотором централизованном хранилище.
В противном случае это локально сохраняемый, читаемый человеком файл .INI (с именованными разделами) или файл .XML.
При использовании файла .XML старайтесь не делать его слишком «плотным» и добавляйте соответствующие комментарии.