Насколько я помню, как только вы используете один файл .htaccess, вы уже согласились заплатить цену, эта цена, будучи apache, будет искать повсюду, каждый запрос, для файлов .htaccess. Это проблема производительности, хотя.
Я думаю, что ваше идеальное решение - вообще не использовать файлы .htaccess, а установить эти правила в httpd.conf. PHP не лучше перенаправляет, чем apache, так что тут никакой помощи. Это ответ производительности. Разработать, однако, лучше всего, а затем для производства перенести правила в ядро сервера.
Что касается контроля версий, если это текстовый файл, необходимый для кода, то да, я бы включил его в контроль версий. Я бы сделал это прямо сейчас. Если многие люди добавляют свои собственные правила перенаправления в файлы .htaccess повсеместно, вы захотите:
- Откатить изменения.
- Укажи пальцем! ;)