Если это большое приложение, я предлагаю вам использовать Facebook Connect, а затем использовать FBML через приложение Canvas. Я считаю, что приложения Iframe лучше работают для небольших приложений.
Я создавал приложение PHP FB с помощью Facebook Connect, а затем FBML и FQL (Facebook Query Language), и оно отлично работало. Вам по-прежнему необходимо зарегистрироваться в качестве разработчика перед началом работы.