Есть ли способ получить список всех GMarkers, которые были добавлены на карту?
Я не думаю, что в API есть метод для возврата списка GMarkers или оверлеев, которые были добавлены на карту. Вам придется следить за ними самостоятельно, добавляя их в список при добавлении на карту.
GMap2 предоставляет addoverlay removeoverlay и clearoverlay события, которые могут быть полезны.