Нет, нет необходимости помещать все ваши поля в метод equals только потому, что вы используете JPA. Фактически, JPA-специфичные поля, которые вы можете игнорировать.
Вам нужно решить, что лучше всего подходит для вашего приложения, но довольно часто исключают ваши поля @Id и @Version. Включите только те поля, которые отличают один экземпляр объекта от другого: по существу, поля, которые образуют ключ.