Если у вас есть возможность изменить дизайн приложения, я предлагаю вам сделать это. Вы можете разбрасывать строки в WCF, но если вы можете создать контракт на передачу данных, вы можете сохранять строгую типизацию всех ваших сообщений.
Если у вас есть доступ к Windows Server 2008, тогда новый IIS может разместить ваш WCF, даже если он не использует tcp. В противном случае вам просто нужно написать приложение, которое открывает хост службы, которое вы обычно помещаете в службу Windows. Но, как отметил @MArk Seemann, вы получаете много бесплатных услуг, запуская свой сервис в IIS.
У меня нет опыта работы с PeerTcpBinding, но я могу вам сказать, что NetTcpBinding хорош и быстр, плюс он поставляется со всеми видами вкусностей, такими как шифрование и аутентификация, если хотите.