Три идеи, все довольно простые.
1. Убедитесь, что у вас установлены правильные платформы .NET.
2. Убедитесь, что в вашем виртуальном каталоге установлена правильная структура.
3. Запустите это в командной строке, чтобы убедиться, что ваши разрешения IIS / .NET верны.
C: \ Windows \ microsoft.net \ Framework \ v2.0.50727 \ aspnet_regiis.exe
-i