Просто, чтобы объяснить немного больше, командная строка запускается слева направо, за исключением случая перенаправления ввода. Итак, причина, по которой ваш первый не сработал, в том, что он брал OUTPUT из mysql и отправлял его в sed, а также пытался перенаправить ввод в sed из файла 'WAR.sql'.
Во втором случае вы используете перенаправление файлов на mysql, за исключением того, что вы даете ему команду (в данном случае sed), что означает, что оболочка, вероятно, пыталась открыть [несуществующий] файл с именем 'sed' в текущем каталоге. Следующее перенаправление ввода, вероятно, просто смутило его, если оболочка даже зашла так далеко при разборе.
Я верю (и голосовал за) ответ gbacon как простейшего решения для достижения того, что, я думаю, вы хотите.