Под службой WCF с поддержкой AJAX я предполагаю, что вы имеете в виду службу WCF, которая предоставляет конечную точку с помощью webHttpBinding, которая представляет собой JSON-кодировку некоторых данных. Пока ваша веб-служба с поддержкой AJAX размещается в том же домене и субдомене, что и приложение, ее использующее, у вас все будет в порядке.