Тот, который находится в каталоге сервера, обычно используется при отправке электронных писем с отчетами о сборке, а тот, который находится в каталоге веб-панели, явно соответствует тому, что отображается на веб-сайте.
Я на самом деле копирую XSL, которые я использую, в общий каталог и ссылаюсь на них из обоих мест.