Самое простое изменение, которое вы можете сделать, это просто установить горизонтальное выравнивание, а затем использовать поля для смещения разделителя (по умолчанию 0,2,0,2):
<Border x:Name="border" ClipToBounds="True" Background="White" BorderBrush="Black" BorderThickness="2">
<Separator BorderBrush="Black" BorderThickness="2" HorizontalAlignment="Left" Margin="20,2,0,2" >
<Separator.LayoutTransform>
<RotateTransform Angle="90" />
</Separator.LayoutTransform>
</Separator>
</Border>
Существует множество других способов достижения того же визуального эффекта, если у вас есть другие требования.