Для простых Java-проектов
Вы можете добавить файл junit.jar, который вы хотите использовать в качестве файла в своем проекте, добавить его в путь сборки и удалить определенную библиотеку eclipse junit из пути сборки (при условии, что он там был).
Для проектов плагинов
Вы можете сделать то же, что и выше, или создать новый плагин из janit 4.8 и добавить его в зависимости вашего тестового плагина.