Первоначально установите значение в пустой список, затем измените его на результаты вашего запроса, если параметры не равны нулю. Или вы можете изменить свое представление, включив скрытые поля для каждого флажка, который имеет свойство по умолчанию (false), чтобы этот параметр никогда не был нулевым. Последнее - то, что делает вспомогательный метод Checkbox, поэтому его использование также решит вашу проблему. Еще лучше, делай и то, и другое.
public ActionResult UserEdit(string[] UsergroupIDs)
{
IEnumerable<Usergroup> userUsergroups = new List<UserGroup>();
if (UsergroupIDs != null)
{
userUsergroups = UsergroupIDs.Where(x => x != "false")
.Select(x => (Usergroup)_ug.GetUsergroups(int.Parse(x)).FirstOrDefault());
}
...
}