Благодаря ответу Гавинба и комментарию Сумо. Вот как я это сделал для своего приложения WinForms:
<Import Project="$(MSBuildToolsPath)\Microsoft.CSharp.targets" />
<Target Name="AfterPublish">
<GetAssemblyIdentity AssemblyFiles="$(OutputPath)\$(AssemblyName).exe">
<Output TaskParameter="Assemblies" ItemName="AssemblyIdentities" />
</GetAssemblyIdentity>
<Exec Command="hg tag %(AssemblyIdentities.Version)" />
</Target>