Ну, технически вы не сможете, Microsoft.Web.Administration поставляется только с ОС (то есть Windows Vista / 2008 или Windows 7 / 2008R2). Концептуально вы сможете ссылаться на него, если скопируете DLL и сможете скомпилировать, однако вы НЕ сможете запускать ваше приложение даже для управления удаленными серверами, поскольку MWA требует, чтобы другие объекты были локально доступны для работы, а именно COM библиотека, которая фактически реализует систему конфигурации IIS.
Вам нужно будет немного взломать, чтобы попытаться заставить его работать, поскольку вам понадобятся библиотеки типов DCOM (ahadmin), но даже если вы сделаете это, решение все равно будет считаться не поддерживаемым.