Я получил эту работу над Ubuntu / Netbeans:
- копирование строк конфигурации xdebug из файла /etc/php5/apache2/php.ini в /etc/php5/cli/php.ini
- установка переменной среды с именем сеанса отладки (это можно получить из строки запроса в URL-адресе страницы, запускаемой netbeans при запуске отладки), поэтому команда имеет вид:
export XDEBUG_CONFIG="idekey=netbeans-xdebug"
Тогда это просто случай запуска отладки в netbeans и выполнения php myscript.php
в командной строке.
Примечание:
Если вы хотите отлаживать удаленно с помощью netbeans, вам нужно использовать файл отладки для файла, запускаемого из командной строки, а не обычную отладку.