Первое, что я хотел бы проверить (если вы уже проверили размеры таблиц и индексов и все еще видите большую разницу), это свойства файла.
В SQL Server Management Studio перейдите в обозреватель объектов, щелкните правой кнопкой мыши соответствующую базу данных и выполните «Свойства», а затем перейдите на вкладку «Файлы».
Какие файлы у вас есть? Каковы их настройки, особенно настройки "Autogrowth" ?? Если файл данных близок к заполнению, SQL Server расширит его, как определено в этих настройках - если вы определите, что 50 ГБ должны быть добавлены к файлу, а дисковое пространство доступно, SQL Server с радостью выполнит и выполнит так что, даже если для этого потребуется всего несколько сотен дополнительных байтов.