У меня была такая же проблема, и таблица серверов уже была там. Получилось, что для продолжения нужно указать URL сокета.
Итак, войдите в терминал в MySQL:
mysql -u root
Затем получите статус mysql, набрав \s
Найдите свой путь к сокету UNIX, скопируйте его и вставьте в поле «сокет» в Sequel Pro.
Это сделало это для меня.